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Il Fondo cinque-secentesco, piccolo ma prezioso, fu depositato nella Libreria dello Studio pisano intorno al 1780. Proveniva dalla biblioteca del Giardino dei Semplici - l’Orto Botanico pisano, istituito nel 1543.
Il fondo si compone attualmente di 7 manoscritti e 74 volumi.
La quantità originaria dei volumi stampati tra il 1517 e il 1615 era di 110 come risultava dall’inventario stilato nell’estate del 1626 dal provveditore generale dello Studio pisano monsignor Gerolamo da Sommaia. Essi si configuravano come una vera e propria biblioteca specialistica organizzata per formato e collocata per numeri progressivi. Su tutti i volumi era impresso lo stemma granducale.
Della collezione originaria, già dal Catalogus Bibliothecae Pisanae Academiae di Cesare Malanima del 1798, risultano mancanti almeno quaranta delle 110 opere a stampa; anche se il nucleo originario era giunto integro in biblioteca, i volumi erano andati dispersi quando ancora la sede era nel palazzo della Specola, in quanto, presumibilmente, erano stati parzialmente venduti o scambiati con altri.
Il fondo andato confuso all’interno del patrimonio librario della biblioteca, è stato ricostruito con perizia bibliografica in occasione delle mostre medicee del 1980.
Le opere a stampa della collezione offrono il panorama degli interessi scientifici dei prefetti dell’Orto e degli scienziati che lo frequentavano, che spaziava oltre i contenuti propriamente naturalistici, dalla mineralogia, alla matematica astronomica, all’alchimia all’utilizzazione medicinale delle piante, all’allora proibito interesse per la iatrochimica.
In particolare i trattati cinquecenteschi – citiamo l’Historia animalium di Gesner, l’Ornithologiae di Aldrovandi, l’Icones piscium di Salviani - sono vere opere enciclopediche nelle quali l’iconografia ha il merito di riprodurre la realtà naturale rifiutando l’ispirazione trascendente medievale.