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La biblioteca si è costituta sin dal sec. XIII come biblioteca della comunità francescana residente presso la chiesa-santuario di S. Francesco. Gli studiosi sono ormai concordi nell’affermare che nel Sacro convento fu attivo uno scriptorium che realizzò innanzitutto manoscritti liturgici e omiletici destinati al culto ed all’attività pastorale e nel contempo manoscritti biblici, filosofici e teologici destinati allo studio. La produzione di questo centro scrittorio è documentata anche grazie all’uso di una grafia particolare, denominata "littera Assisiensis".  Accanto alla produzione libraria propria del centro scrittorio assisano notevole è stato l'arricchimento della biblioteca medievale dovuta ad acquisizioni di manoscritti prodotti in altri luoghi. La biblioteca di Assisi fu la più ricca biblioteca francescana d’Europa sino alla fine del secolo XIV. L’inventario redatto da fra Giovanni di Iolo nel 1381 ne è la più significativa testimonianza. La biblioteca e l’archivio del Sacro convento subirono nell’età postunitaria la sorte comune ai beni religiosi, l’incameramento patrimoniale ai beni del Regno. Il Comune di Assisi ha ricollocato dal 1981 il Fondo antico nei locali della Biblioteca del Sacro convento, comprendendo anche codici provenienti da altri conventi della città (S. Maria degli Angeli, S. Damiano, Cappuccini, …). La parte più prestigiosa del Fondo antico è costituita da 709 manoscritti, dei quali circa 70 miniati, alcuni in oro, e da circa 4.000 tra incunaboli e cinquecentine. Ospita inoltre i pregiati fondi archivistici dell’archivio storico conventuale e dell’archivio della cappella musicale della Basilica di San Francesco. La biblioteca svolge dal 1971 le funzioni di biblioteca dell’Istituto teologico di Assisi. Grazie ad una convenzione tra il Comune di Assisi, il Sacro convento di Assisi e la Società internazionale di studi francescani è stata possibile la realizzazione del progetto di Digitalizzazione dei manoscritti del Fondo Antico.