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Il Fondo cinque - secentesco, piccolo ma prezioso, fu depositato nella Libreria dello Studio pisano intorno al 1780. Proveniva dalla biblioteca del Giardino dei Semplici, l’Orto Botanico pisano, istituito nel 1543. Il fondo si compone di 7 manoscritti e 74 volumi. Dei sette codici quattro conservano ancora la legatura originaria in pergamena molle con impresso sul piatto anteriore, a ferri e oro, lo stemma granducale dei Medici e all’interno l’antico numero di inventario; tutti contengono preziose tavole acquerellate con disegni di piante, fiori, animali e prospetti di giardini.
Nel 1591 il botanico fiammingo Joseph Goedenhuize, che aveva italianizzato il suo nome in Giuseppe Casabona o Benincasa, fu incaricato di organizzare il Giardino di cui fu prefetto dal 1592 al 1595. Questo lavoro progettuale è testimoniato dal codice 464 che contiene 69 disegni a penna di progetti di aiuole, labirinti e attrezzi di giardinaggio. Il botanico, inoltre, ha lasciato nel codice 462, titolato Icones variarum plantarum, 35 tempere, ad opera del pittore tedesco Georg Dyckman, che raffigurano le specie raccolte da lui stesso e testimoniano come l’iconografia botanica avesse iniziato a privilegiare l’immagine colta dal vero.
Anche le 32 tempere del manoscritto 465, disegnate dal pistoiese Filippo Paladini, rispondono a questa necessità di conoscenza, come pure i codici 513 e 514, Disegni diversi di piante e animali, raccolta eterogenea di disegni nei quali è stato identificato un gruppo di tempere del miniaturista tedesco Daniel Froeschl, la cui perizia risulta soprattutto nei soggetti zoologici.
Il codice 461, Icones plantarum Viridarij Pisani, fu opera dell’allora prefetto dell’Orto, Giovanni Rocchi, che disegnò personalmente a penna 34 specie di piante, soprattutto, bulbose di cui era grande appassionato.
La ricomposizione del fondo è avvenuta con l’acquisto nel 1993 dell’ultimo codice contenente 153 immagini di essenze vegetali dipinte dal Froeschl per Casabona; tra esse è raffigurato il girasole che, per la prima volta nell’iconografia naturalistica, è ritratto anche nella sua parte posteriore.