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Nel 1629 la Compagnia di Gesù apre un suo collegio a Gorizia, a palazzo Verdenberg; alla struttura è annessa una biblioteca ad uso di professori e studenti, che, dopo la soppressione dell'ordine religioso e il passaggio ad altri istituti scolastici tra cui lo Staatsgymnasium, nel 1822 viene strutturata come biblioteca pubblica, una delle sei Studienbibliothek (biblioteca degli studi) dell'impero austroungarico. Dopo la prima guerra mondiale, che causa danni e dispersioni alle raccolte, diventa biblioteca statale del regno d'Italia, assumendo diverse denominazioni fino a quella attuale di Biblioteca Statale Isontina assunta nel 1967.

Alla Biblioteca Statale Isontina è annessa la Biblioteca Civica, costituita nel 1888, il cui nucleo storico è costituito dalla raccolta di storia locale di Giuseppe Domenico Della Bona (1790-1864), che gestisce dal 1919 per conto del Comune.

Del patrimonio librario (complessivamente 426.091 volumi al 31 dicembre 2019) fanno parte 41 incunaboli, 934 cinquecentine, 862 manoscritti, 1.550 volumi della biblioteca gesuitica, 7.494 volumi della biblioteca del Presidio militare, 1.164 volumi della biblioteca circolante Paternolli, 5.652 volumi della raccolta Slavica, una serie di carte geografiche e numerosi fondi legati a personalità locali e biblioteche private (tra cui Bassi, Casiraghi, Cavazzuti, Comel, Del Neri, De Simone, Gottscher, Hugues-Rigonat, Levi-Saba, Magris, Michelstaedter, Monai, Orsoline, Società Agraria), nonché il materiale acquisito per diritto di stampa dal 1854 e quello inviato in dono dalle principali istituzioni culturali italiane nel primo dopoguerra, compreso il Ministero della Pubblica Istruzione, oltre ad una collezione d'arte moderna e contemporanea.

Attualmente la Biblioteca privilegia l'acquisto di opere di bibliografia, grafica, arti minori, storia dell'arte, architettura, diritto, letteratura. Pubblica dal 1923 la rivista "Studi goriziani", a cui si è recentemente aggiunta la collana "Biblioteca di Studi Goriziani".