Tra il 1799 e il 1800, mentre le armate austro-russe avanzano vittoriose in tutta Italia, Genova è l’ultima città a rimanere in mano delle forze repubblicane. Nella capitale ligure si raccolgono i patrioti italiani, per sfuggire alle rappresaglie dei vincitori e opporre un’estrema resistenza all’avanzata delle forze nemiche. Foscolo vi trascorre gli ultimi mesi del 1799, costretto a una forzata inattività e in condizioni di vita disagevoli. All’inizio di ottobre pubblica il Discorso su la Italia, preceduto da una lettera di dedica al generale francese Championnet, che veniva invitato a sposare la causa di un’autonoma Repubblica italiana, anche nell’interesse della Francia. Il silenzio di Championnet sulla questione dell’indipendenza italiana, determinato da evidenti motivazioni di opportunità politica, irritò lo scrittore che espresse tutto il suo disappunto pochi mesi dopo, in occasione della morte del generale francese, nel gennaio 1800.
Nel frattempo, il 18 brumaio dell’anno VIII (9 novembre 1799), Bonaparte, con un colpo di stato, assumeva pieni poteri in Francia; alla fine dello stesso mese Foscolo ripubblica l’Ode a Bonaparte con l’aggiunta di una Dedicatoria a Bonaparte in cui invitava il primo console ad appoggiare la causa dell’indipendenza dell’Italia.
Il periodo genovese è legato anche a un’intensa attività letteraria; Foscolo pubblica l’ode A Luigia Pallavicini caduta da cavallo e comincia a scrivere il Sesto tomo dell’io.
Nei primi mesi del 1800 è a Nizza; torna a Genova nel marzo e viene arruolato come ufficiale di corrispondenza; partecipa alla difesa della città, rimanendo anche ferito a un ginocchio nella battaglia del forte dei Due Fratelli, il 2 maggio, e assiste alla capitolazione di Genova, avvenuta il 4 giugno del 1800. Solo dieci giorni dopo, il 14 giugno, la vittoria di Bonaparte a Marengo poneva fine all’interregno austriaco e riapriva ai patrioti la strada di Milano.