Il Secretum (il titolo completo è De secreto conflictu curarum mearum) è un dialogo in un proemio e tre libri. Nel proemio la Verità appare in visione a Francesco e si offre di guarirne i mali spirituali, chiamando in soccorso sant'Agostino. Nel libro I Agostino esorta l'allievo a meditare in continuazione sulla morte incombente. Nel libro II lo esamina intorno ai peccati capitali, con speciale attenzione alla malattia della volontà chiamata accidia. Nel libro III (il più esteso) gli mostra che l'amore per Laura e l'aspirazione alla gloria, che egli considera i pregi più grandi della sua anima, sono invece le due catene che la legano a terra impedendole di sollevarsi al cielo: per guarire dalla prima deve lasciare Avignone e non tornarvi mai più; per guarire dalla seconda deve interrompere la stesura di Africa e De viris illustribus e dedicarsi a una letteratura moralmente impegnata e non sulla celebrazione di fatti passati. Francesco sembra accettare entrambi i consigli, ma di fatto domanda una proroga alla loro esecuzione.
Modello formale del Secretum è il dialogo filosofico di ascendenza platonica, che Petrarca vedeva praticato soprattutto da Cicerone; modello ideologico sono le Confessiones agostiniane, che gli fornivano l'esempio di una spietata analisi interiore da parte di un convertito che aveva attraversato una lunga fase di traviamento. Il Secretum è dunque il documento più significativo dell'agostinismo petrarchesco e sotto tale aspetto si pone sulla scia della lettera del Mont Ventoux (Familiares IV 1); tuttavia l'Agostino messo in scena da Petrarca non è esattamente sovrapponibile a quello storico, rispetto al quale mostra evidenti venature stoicizzanti (quali l'identificazione del sommo bene nella pratica della virtù, che è premio a sé stessa, e l'idea dell'imperturbabilità del saggio di fronte alle vicende tristi e liete della vita).
L'azione del dialogo è collocabile, in base a dati interni, fra 1342 e 1343, e per molto tempo si è creduto che anche la sua composizione risalisse a questi anni: esso sarebbe il diario in presa diretta di una crisi affrontata da Petrarca alle soglie del quarantesimo anno, dietro sollecitazione di due eventi di segno opposto quali la monacazione del fratello Gherardo e la nascita della figlia naturale Francesca. Una più attenta considerazione del suo contenuto e delle testimonianze extratestuali ha invece permesso di abbassare la datazione di alcuni anni (1) : probabilmente il Secretum attraversò tre stesure (1347, 1349, 1353) e forse una revisione nel 1358, dopo la quale l'autore cessò di occuparsene. In varie epoche durante la vita di Petrarca mostrarono di averne qualche vaga notizia Giovanni Boccaccio, Francesco Nelli e Barbato da Sulmona; tuttavia esso fu pubblicato postumo.

(1) Francisco Rico, Vida u obra de Petrarca, I Lectura del "Secretum", Padova, Antenore, 1974.